El arreglo del desfase es así:
Abrir el archivo con el virtualdub (File / open video file)
Pestaña Streams / Streams list
Click derecha en el stream / interleaving
Deshabilitar la casilla: Enable audio/video interleave
Delay audio track by (en este caso poner 15000)
Ok
File / Save as
Solucionado
EDITO: El sonido del logo de la productora sale donde no debiera, porque el fallo del sonido no estaba en el principio sino que estaba despues del logo, para no liarnos mas el delay lo pongo al principio y fuera, no tiene mayor importancia ya que aparte del sonido del logo la pelicula empieza con el sonido sincronizado.