Es fácil juntar los subs, me parece que con el subtitle workshop se puede hacer, pero yo lo hago a lo bruto.
Abro con el word o el notepad el cd1 y pego al final todas las líneas del cd2, luego lo abro con el subtitle workshop y seleccionando sólo las líneas del cd2 las añado el tiempo necesario para estar sincronizadas, a oído a partir de la primera frase del segundo cd.
Parece difícil, pero una vez lo pruebes verás como no es tan complicado.
Suerte y a ver si te sale
eduin.