Uf, yo es que no soy muy ducha en informática, pero seguramente tendrás alguna opción de configuración del antivirus donde te diga qué programas pueden conectarse a internet y cuáles no (bueno, más que como antivirus ahí actúa como cortafuegos).
De todas formas, otra manera de ver si es por lo de que los puertos no están abiertos, es que en el eMule mires Preferencias/Conexión/Comprobar puertos. Así te aseguras de que no es eso... y miras lo del antivirus. De todas formas que hablen los expertos mejor, jeje.