Euridice, tu tranquila. Lo del frame rate es la velocidad a la que van las imágenes de una película: 24 fps (frames [imágenes] por segundo), 25 fps, 29 fps,... Debido a esta circunstancia, ya que seguramente los subtítulos pertenecen a un DVD o a un ripeo con un frame rate diferente al del ripeo que manejas, los subtítulos se desincronizan poco a poco y hay que realizar la ardua tarea de sincronización al tipo de velocidad o frame rate que lleva el ripeo al que quieres adaptar los subs.
Con el Sutitle Workshop se pueden cambiar los tiempos del subtítulo a la velocidad de imágenes que lleva la película que estás manejando de manera muy sencilla. En la parte de la izquierda te aparecen 3 casillas denominadas "modo", "FPS de entrada" y "FPS". En esta última casilla, pulsando en la pestaña, puedes cambiar el frame rate, y a la vez los tiempos del subtítulo ajustándolos al frame rate de la película. Eso sí, lo tienes que hacer desde el principio, ya que te va a cambiar todos los tiempos; también los que has resincronizado al ripeo que está utilizando.
Haz alguna prueba a ver si te facilita el trabajo, y si necesitas ayuda pídemela. Intentaré ayudarte. Si no, pues habrá que sincronizar línea por línea, que será como lo estás haciendo.
Saludos.