Se me ocurre una cosa. A lo mejor no tiene que ver con esto, pero por si acaso lo comento. Es un mensaje que me viene apareciendo cada vez más a menudo al conectarme a distintos servidores: "This server accepts 1000 shares per client. Some of your shares are ignored". Si estás compartiendo muchas cosas, es posible que hayas pasado ese límite y por eso las cosas nuevas que pones a compartir estén bloqueadas por el servidor.
No sé si este mensaje lleva tiempo o es algo reciente, yo lo vi por primera vez hace cosa de un mes, y la última vez que reinicié el ordenador me costó bastante encontrar un servidor que no me limitase el número de subidas... por si te sirve de algo yo ahora mismo estoy conectado a UltraUploader 1.0 (208.43.68.146:4323) y no tengo ningún problema. De todas formas, si el problema es realmente el de la limitación de shares... a lo mejor es tan sencillo como dejar de compartir aquellos ficheros que tengan más fuentes.
A ver si hay suerte...