Basado en un hecho real, Yossi y Jagger retrata la historia de amor entre dos oficiales israelíes en una base del ejército situada en la frontera Israelí-Libanesa. Ellos son comandantes, están enamorados, e intentan encontrar un lugar propio dentro de un sistema rígido que les oprime, que los envía a defender una causa en la que no creen necesariamente. Yossi (Ohad Knoller), el comandante de la compañía, es un individuo introvertido y en gran parte un hombre de sistema. Jagger (Ye-huda Levi), el comandante del pelotón, es un individuo mucho mas abierto y liberado. Él es la estrella de la compañía. Yossi está convencido de mantener su amor en secreto. Mientras que, Jagger, que está a punto de acabar el servicio, cree que Yossi debería abandonar el ejército con él. Poco antes, saliendo para una peligrosa misión, la tensión entre los amantes se convierte en explosiva.
